En un episodio que se siente más como "los antiguos episodios" de X-Files. Mulder se ha afeitado, y ambos están ya trabajando de forma completa de nuevo en los expedientes.

Spoilers.
El episodio, mucho mejor que el anterior, consigue aunar la mitología y el ambiente de X-Files, manteniendo vivos los antiguos conceptos y la personalidad de los agentes, pero de una forma moderna. X-Files ha vuelto en plena forma.
A partir de aquí, spoilers completos del episodio. Nos encontramos con un episodio algo ajeno a la conspiración, uno de los "monstruos de la semana" en los que los agentes Mulder y Scully resolvían —o intentaban— un misterio paranormal: en este caso un misterioso sonido de alta frecuencia que afecta al Dr. Sanjay, un científico trabajando para Nugenics Technology, una empresa trabajando en investigación genética para el Departamento de Defensa de Estados Unidos.
Visiblemente enfermo, Sanjay acaba suicidándose con un abridor de cartas tras no poder soportar el sonido. En la autopsia, Scully encuentra escrito en la palma de su mano "La mutación del Fundador" —que da título al episodio—. El "Fundador" es el sobrenombre que tiene el Dr. Augustus Goldman, el fundador de la compañía para la que trabajaba Sanjay. Mientras tanto, Mulder se reúne con Gupta, el amante de Sanjay que narra —tras un interludio donde descubrimos que "la verdad está ahí... dentro— que Sanjay estaba preocupado por que "sus niños se están muriendo".

Al visitar la casa del fallecido, los agentes encuentran fotos de niños desfigurados justo antes de que Mulder …