De acuerdo con su desarrollador, Crystal Dynamics, Marvel's Avengers tendrá múltiples finales alternativos. Aún no está claro exactamente cuántos, pero según Scott Amos, jefe del estudio, la historia del juego tendrá múltiples puntos fijos, sin embargo, habrá diferentes finales para cada jugador, sugiriendo que se nos presentarán decisiones importantes en la historia.